IT導入補助金2025完全ガイド|通常枠・インボイス枠・複数社連携枠まで最新制度を徹底解説

中小企業・小規模事業者にとって、デジタル化はもはや“余裕があれば取り組むもの”ではありません。
人手不足、最低賃金の上昇、インボイス制度、電子取引の義務化、サイバー攻撃の増加――
こうした経営環境の変化に対応するためには、業務プロセスそのものを効率化することが必要です。

その取り組みを後押しするのが IT導入補助金2025(令和6年度補正) です。本記事では、制度の全体像を分かりやすくまとめ、「まずはこれだけ押さえれば迷わない」というポイントを整理します。

目次

■1. IT導入補助金2025とは?

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者の 生産性向上 を目的に、
業務効率化に役立つ ITツール・サービスの導入費用を補助する制度です。

2025年度の特徴は次のとおりです。

●特徴① 業務プロセスのDXを目的とした補助金

対象は「単なるHP制作」ではなく、
会計・受発注・在庫管理・決済・予約管理など、実際の業務を効率化するITツール。


●特徴② 補助率が引き上がる特例がある(重要)

2025年度は、賃上げに取り組む事業者を優遇する仕組みが明確に存在します。

以下の要件を満たすと補助率が引き上げられます。

【補助率UPの要件】

地域別最低賃金+50円以内で雇用している従業員が
3か月以上、全従業員の30%以上存在すること

これを満たす場合、補助率は
通常1/2 → 特例2/3 に引き上げ
となります。


●特徴③ 導入後の「活用支援」も補助対象

2025年度からは、以下の導入後サポートも補助対象に明確化されました。

  • マニュアル作成
  • 操作研修
  • 導入支援
  • 初期設定
  • 保守サポート
  • 活用コンサルティング

「導入したけど使いこなせない」という問題を解消するための仕組みです。

●特徴④ インボイス制度・電子取引に対応した枠が拡大

会計・受発注・決済のデジタル化が必須となる中、それを支援するための専用枠が強化されています。

●特徴⑤ サイバー攻撃対策の専用枠が新設

IPAの「サイバーセキュリティお助け隊」に登録されたサービスを導入することで、
セキュリティ対策の費用が補助されます。

■2. IT導入補助金2025の4つの類型

2025年度は次の4つの枠で構成されています。

【1】通常枠(もっとも利用者が多い枠)

●概要

業務効率化に直結するITツール導入を目的とした基本枠。

●補助額

  • 業務プロセス 1〜3:5万円〜150万円未満
  • 業務プロセス 4以上:150万円〜450万円以下

●補助率

原則:1/2
特例:2/3(最低賃金+50円以内の従業員30%以上・3か月以上)

●対象経費

  • ソフトウェア購入費
  • クラウド利用料(最大2年)
  • 導入設定
  • 初期設定
  • マニュアル作成
  • 操作研修
  • 導入後のサポート
  • 活用支援コンサルティング

●対象となる業務プロセスの例

  • 顧客対応・販売支援
  • 決済・債権債務
  • 供給・在庫・物流
  • 会計・財務
  • 業務固有(建設・製造など)
  • 業種固有の業務
  • 自動化・分析ツール(汎用プロセス)

❗注意:ホームページ制作は原則対象外

通常枠は“業務プロセス改善”が目的のため、次のようなHPは対象外です。

  • コーポレートサイト
  • 店舗紹介サイト
  • WordPressデザインリニューアル

対象になるのは、次のような“業務機能付きWebシステム”です。

  • 予約管理機能付きサイト
  • 受発注管理システム
  • CRMと連動した会員管理サイト
  • 在庫管理+ECシステム

【2】複数社連携IT導入枠(商店街・地域DX向けの大型枠)

複数の中小・小規模事業者(10者以上)が連携してDXを進める枠。


●補助額

  • 基盤導入+分析系:最大 3,000万円
  • 事務費・専門家費:200万円

●補助率

  • 50万円以下部分:小規模4/5、その他3/4
  • 50万円超〜350万円部分:2/3

●導入可能な取り組み

  • 商店街のキャッシュレス化
  • 電子地域通貨
  • POS・レジの統一
  • AIカメラによる来店分析
  • デジタルサイネージ

単独店舗では難しい取り組みを一括で行える枠です。


【3】インボイス枠(インボイス対応類型)

インボイス制度に対応した会計・受発注・決済ツール導入を支援。


●補助額

  • 50万円以下:3/4(小規模4/5)
  • 50万円超〜350万円:2/3
  • PC・タブレット:10万円まで(1/2)
  • レジ・券売機:20万円まで(1/2)

●対象経費

  • 会計ソフト
  • 受発注システム
  • 決済システム
  • クラウド利用料(最大2年)
  • 導入支援・研修
  • オプション(セキュリティ等)
  • ハードウェア(PC・レジ等)

【4】インボイス枠(電子取引類型)

発注企業が受発注ソフトを導入し、取引先の中小企業へ無償でアカウントを付与する取組を支援。


●補助額

最大350万円

●補助率

  • 中小企業:2/3
  • 大企業:1/2

【5】セキュリティ対策推進枠(サイバー攻撃対策の枠)

IPAが公表する「サイバーセキュリティお助け隊サービスリスト」に掲載されたサービスを導入する場合に補助。


●補助額

5万円〜150万円以下

●補助率

  • 中小:1/2
  • 小規模:2/3

■3. 申請の流れ(STEP1〜STEP5)


【STEP1】制度理解

まずは公募要領で制度全体を把握。


【STEP2】GビズIDプライム取得 & SECURITY ACTION宣言

●GビズIDプライム

発行には約2週間かかるため早めに申請。

●SECURITY ACTION

★1または★2の宣言が必須。
ID発行は2〜3日。


【STEP3】IT導入支援事業者・ITツールの選定

補助金は 事業者単独で申請できない ため、必ずIT導入支援事業者と進める。


【STEP4】交付申請(共同作成)

  • マイページ招待
  • 基本情報入力
  • 必要書類添付
  • 予定ツール・効果指標を入力
  • 最終確認し提出

【STEP5】交付決定 → 導入 → 実績報告 → 補助金入金

特に重要なのは次の点です。

❗交付決定前の契約・発注は全て補助対象外

これは最も多いミスなので必ず守る必要があります。


■4. まとめ

2025年度のIT導入補助金は、制度内容が整理され、

  • 通常枠
  • 複数社連携枠
  • インボイス対応類型
  • 電子取引類型
  • セキュリティ対策推進枠

という明確な構造になりました。

特に通常枠は「業務プロセス数」で分類され、補助率UPの特例(最低賃金+50円以内・30%以上・3か月以上)も追加されています。

第1回のこの記事で全体像を把握しておけば、次回からの詳細解説がより理解しやすくなります。

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